中西部太平洋における生態系と混獲の問題、生態系モデル解析、はえ縄による混獲情報が取りまとめられている。当該海域において熱帯まぐろ類の仔稚魚調査、動物プランクトン採集、海洋環境調査が不定期的に実施されている。2008年から中西部太平洋において、科学オブザーバー計画が確立され、はえ縄やまき網による漁獲物情報が取得される体制が整い、部分的な情報が収集可能となっている。
はえ縄でメカジキと同時に漁獲されるビンナガ、キハダ、メバチ、及びさめ類の中で漁獲量の大きいヨシキリザメ、クロトガリザメを混獲種とし、資源状態から評価を実施した結果、クロトガリザメについては資源状態が懸念された。混獲非利用種に対するPSA評価では、はえ縄の潜在的なリスクはアオウミガメ、アカウミガメ、タイマイ、ヒメウミガメでは高く、オサガメは表層で中程度とされた。さらに、アカマンボウ、シイラなどへのリスクは中程度と判断された。以上の如く、はえ縄による潜在的なリスクが中程度から高いと判断されるものが複数含まれた。環境省指定の絶滅危惧種のうち、評価対象水域と分布域が重複する種についてPSAでリスク評価を行った結果、全体としてのリスクは低かったが、アカウミガメ、アオウミガメ、タイマイのリスクが高いと判断された。
【食物網を通じた間接影響】
メカジキは外洋の表層生態系において、ほぼ最高位捕食者に位置すると考えられるため、捕食者はいないと考えられる。餌生物として挙げられるカツオ、ビンナガ、シイラ、ツムブリ、イカ類、小型浮魚類についてCA評価を行った結果、資源状態への懸念材料は見られなかった。メカジキと同様に高次捕食者と位置づけられる魚種の資源水準・資源動向を見ると、クロトガリザメが低位・減少と評価され、一部の競争者に減少傾向が見られた。
【生態系全体への影響】
漁獲物全体の平均栄養段階水準は1980年から2000年にかけて増加傾向を示し、その後、横ばい状態を示しているが、栄養段階が高い魚種の多様性と生物量は2000年以降に大きく変化しながら増減している。したがって、対象漁業による影響の強さは重篤ではないが、生態系特性の一部変化が懸念される。
【大気・水質環境への影響】
はえ縄は着底漁具ではない。WCPFC海域における日本漁船による海洋汚染や廃棄物の投棄についての違反報告は見いだせなかった。単位漁獲量あたりCO2排出量は、まぐろはえ縄漁業は我が国漁業の中では高い数値となっているため、排出ガスによる大気環境への悪影響が懸念された。