東シナ海においてトラフグを漁獲する漁業による生態系への影響の把握に必要となる情報について、東シナ海は、我が国周辺の多獲性浮魚類の重要な産卵海域、及び育成場であることから海洋環境と生態系、魚類生産に関する研究の歴史は古い。生態系モデリングに関する研究は未着手であるが、海洋環境及び漁業資源に関する調査が水産研究・教育機構、関係県の調査船によって毎年実施されている。統計法に則り行政機関により県別・漁業種類別・魚種別漁獲量等は調査され公表されているが、混獲や漁獲物組成に関する情報は十分得られていない。
評価対象種を漁獲する漁業による他魚種への影響について、混獲利用種は、はえ縄はサバフグ、マフグとしCA評価の結果、資源状態は懸念される状態と考えられた。釣りは魚種に対する選択制が強い漁法であると考えられるため、他魚種への影響は軽微と考えた。小型底びき網漁業ではマダイ、チダイ・キダイ、コウイカ、シログチ、タマガンゾウビラメ、メイタガレイ、カワハギ、コモンサカタザメ、アカエイ、トカゲエソ、コクチフサカサゴ、オニオコゼ、トカゲゴチ、マアジ、シロギス、ヒメジ、ヒラメ、ウマヅラハギ、コモンフグとしたが、そのうちウマヅラハギ、かれい類、えそ類、かさご類、こういか類、その他ふぐ類では資源が懸念される状態にあった。小型定置網ではマアジ、ブリ、アオリイカ、さば類、アカエイ、マダイ、ヒラメ、カワハギ、コモンフグ、カタクチイワシ、スズキ、ムツ、ショウサイフグとしたが、そのうちカタクチイワシ、その他ふぐ類の資源が懸念される状態であった。混獲非利用種については、はえ縄、釣りは漁具の選択性が比較的高いと考えられることから目立った混獲非利用種はないと考えた。小底はミノカサゴ、テンジクダイ、クラカケトラギスとしたが、いずれの種も混獲のリスクは低いという結果であった。小型定置網はゴンズイ、ネンブツダイ、クサフグ、ミズクラゲとしたが、いずれも混獲のリスクは低いという評価であった。対象海域に分布する希少種のうち、アカウミガメとアオウミガメに中程度の影響リスクが認められたが全体としては低いと考えられた。
食物網を通じたトラフグ漁獲の間接影響については、トラフグは毒を有する魚であるため、捕食者はほぼ存在しないのではないかと考えられる。餌生物としては、カタクチイワシ、マイワシ等の魚類、えび類、かに類が挙げられる。トラフグがトップダウン的にいわし類の資源変動を引き起こしている可能性は低いと考えられる。トラフグと資源変動との関係は不明であるが、かに類の漁獲量が減少傾向であった。競争種は近縁のサバフグ、マフグとした。これらの種はトラフグ同様、減少傾向と見られた。漁業による生態系全体への影響については、総漁獲量の低下が認められ、平均栄養段階も大きく変動していたが、評価対象漁法によるトラフグの漁獲が要因とは認められなかった。海底環境への影響については漁獲物の平均栄養段階が増加傾向にあり、生態系構造の変化が認められた。水質環境への負荷は軽微であると判断される。大気環境への影響については、軽微であると判断された。