ニギス日本海系群の生態、資源、漁業等については関係県、水産機構等で調査が行われ成果が蓄積されているが、対象海域での生態系に関する調査・研究例は少ない。当該海域では海洋環境及び漁業資源に関する調査・観測が水産機構や府県の調査船により定期的に行われている。漁業情報だけでは混獲や漁獲物組成に関する情報は十分得られていない。
混獲利用種は沖合底びき網漁業、小型底びき網漁業ともにその他のイカ類、ソウハチ、ヒレグロ、ハタハタとしたが、資源状態が懸念される種はなかった。混獲非利用種は沖底、小底ともにキタクシノハクモヒトデとしたが底びき網による混獲の影響は低いとされた。希少種へのリスクは全体的に低いと判断された。
食物網を通じたニギス漁獲の間接影響については以下のとおりである。ニギスの捕食者と考えられるヒラメ、ソウハチ、ムシガレイ、アカムツ、マダラのうち、ヒラメ(日本海北・中部系群)、ムシガレイで資源状態が懸念された。ニギスの餌生物としてツノナシオキアミとニホンウミノミのPSA評価を実施した結果、リスクは低かったが定量評価でないため中程度の評価とした。ニギスの競争者と考えられたのはハタハタであるが、資源状態が懸念される状態にない。漁獲物の平均栄養段階は低下していたが、サバ類やマイワシの増加にともなうことが要因であり、沖底や小底の影響ではないと判断した。海底環境の変化についてみると、日本海西部の沖底かけまわしと小底の規模と強度は低く、漁獲物栄養段階組成に大きな変化は認められないと判断されたことから、海底環境の変化は重篤な状況ではないと判断した。